Quy hoạch sử dụng biển hay quy hoạch không gian biển là một công cụ mới trong quản lý biển. Do đó, để xây dựng quy hoạch này, các nhà quản lý, khoa học đã dày công tìm hiểu, học hỏi quy hoạch thuộc loại này từ các nước trong khu vực và thế giới. Một số phương pháp của quốc tế đã được đề xuất, lần đầu áp dụng vào điều kiện Việt Nam. Các phương pháp chính được sử dụng phục vụ quy hoạch bao gồm phân vùng chức năng biển, theo giá trị sinh thái, tài nguyên và nhu cầu sử dụng bảo vệ, bảo tồn các vùng biển.

Quy hoạch không gian biển sẽ được xây dựng dựa trên các phân tích đánh giá về điều kiện, tự nhiên, môi trường, sinh thái biển, định hướng chính sách và các hoạt động khai thác, sử dụng và quản lý biển, bối cảnh khu vực và thế giới và các kinh nghiệm của thế giới trong quy hoạch sử dụng biển.

Đây không chỉ là một quy hoạch dựa trên tổng hợp, phân tích đánh giá của tất cả các ngành kinh tế có liên quan đến biển, khu vực biển, mà còn dựa vào những đặc điểm tự nhiên vùng để đề xuất việc điều phối phát triển hoặc hạn chế một loại hoạt động kinh tế, xã hội nào đó. Chính vì vậy, quy hoạch không gian biển sẽ tác động và liên quan đến những loại văn bản pháp luật quản lý, sử dụng biển Việt Nam ở một số phạm vi cụ thể như quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội của cả nước và của các tỉnh, thành phố có biển; quy hoạch các ngành kinh tế biển (du lịch, thủy sản, dầu khí, hàng hải), quy hoạch phát triển kinh tế đảo Việt Nam; quy hoạch khu bảo tồn biển, quy hoạch bảo vệ môi trường, quy hoạch tổng thể bảo tồn đa dạng sinh học; định hướng quốc phòng, an ninh trên Biển Đông.

Trên cơ sở phân vùng, đồng thời theo giá trị tài nguyên, sinh thái và nhu cầu phát triển kinh tế, nhu cầu thiết lập các vùng quốc phòng, an ninh trên biển và việc xử lý các vùng chồng lấn bằng cách xác định mức độ ưu tiên của các hoạt động sử dụng biển như quốc phòng an ninh; bảo tồn tự nhiên; bảo vệ sinh cảnh; phát triển du lịch; khai thác dầu khí; đánh bắt, nuôi trồng hải sản và các hoạt động khác.

Biển Việt Nam được đề xuất quy hoạch thành 6 loại vùng, bao gồm vùng sử dụng đặc biệt; vùng ven bờ chú trọng bảo tồn và phát triển mạnh kinh tế tổng hợp; vùng ven bờ phát triển kinh tế tổng hợp kết hợp bảo tồn; vùng ưu tiên khai thác dầu khí; vùng ưu tiên khai thác hải sản; vùng cho các hoạt động sử dụng khác. Mỗi loại vùng được định nghĩa, có tiêu chí phân loại, chính sách sử dụng với các hoạt động được phép, không được phép và hạn chế các loại hoạt động khai thác, phát triển kinh tế - xã hội khác nhau để đạt mục tiêu tới năm 2025, giảm thiểu mâu thuẫn trong khai thác, sử dụng tài nguyên, không gian vùng bờ, góp phần bảo vệ môi trường, làm cơ sở để các Sở, ban, ngành, địa phương có biển điều chính các quy hoạch, kế hoạch liên quan.

Sử dụng hợp lý các vùng sử dụng đặc biệt, phục vụ quốc phòng, an ninh trên biển, đồng thời, hỗ trợ phát triển các ngành kinh tế biển và bảo vệ tài nguyên và môi trường biển. Góp phần tăng cường công tác bảo tồn, bảo vệ biển Việt Nam, nhằm duy trì chức năng cung cấp sản phẩm, dịch vụ sinh thái của biển. Đặc biệt, có được quy hoạch phát triển các ngành kinh tế biển phù hợp, hài hòa giữa các ngành và đáp ứng nhu cầu bảo vệ giá trị sinh thái, môi trường biển.

Việc thiết lập và đẩy mạnh cơ chế điều phối đa ngành trong quản lý biển, đảo được cho là cần thiết ở cấp Trung ương và địa phương ở các tỉnh, thành phố có biển.