Viện Nghiên cứu biển và hải đảo ban đầu là Viện Nghiên cứu quản lý biển và hải đảo (tên giao dịch bằng tiếng Anh: Research Institute for the Management of Seas and Islands -viết tắt RIMSI), là tổ chức sự nghiệp trực thuộc Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam, thực hiện chức năng nghiên cứu chiến lược, cơ chế chính sách quản lý biển và hải đảo, thực hiện các nghiên cứu khoa học khác theo quy định pháp luật và được thành lập theo Quyết định số 116/2008/QĐ-TTg ngày 27 tháng 8 năm 2008 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường.
Theo Quyết định số 43/2014/QĐ-TTg ngày 01/8/2014 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường, Viện Nghiên cứu quản lý biển và hải đảo được đổi tên thành Viện Nghiên cứu biển và hải đảo.
Về cơ cấu tổ chức, tại Quyết định số 377/QĐ-TCBHĐVN ngày 25/12/2014 của Tổng Cục trưởng Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Nghiên cứu biển và hải đảo, Lãnh đạo Viện gồm Viện trưởng và không quá 03 Phó Viện trưởng, các tổ chức thuộc Viện gồm:
- 1. Văn phòng
- 2. Phòng Nghiên cứu kinh tế và quy hoạch sử dụng biển, hải đảo
- 3. Phòng Nghiên cứu tài nguyên biển và biến đổi khí hậu
- 4. Phòng Nghiên cứu môi trường, sinh thái biển và hải đảo
- 5. Phòng Nghiên cứu hải dương học và công nghệ biển
- 5. Phòng Phân tích, thí nghiệm
Đội ngũ cán bộ, viên chức, người lao động ngày càng phát triển về số lượng và chất lượng, cơ bản đảm bảo đáp ứng yêu cầu thực hiện chức năng nhiệm vụ của đơn vị. Đến nay, tổng số cán bộ, công chức, viên chức của đơn vị tổng số công chức, viên chức của Viện là 20 người. Trong đó có: 01 Phó Giáo sư tiến sĩ, 04 tiến sỹ, 09 thạc sỹ và 7 người có trình độ đại học. 01 người đang được đào tạo nghiên cứu sinh ở nước ngoài, 01 người đang được đào tạo nghiên cứu sinh và một số người đang được đào tạo theo chương trình thạc sỹ ở trong nước. Ngoài ra, Viện còn ký 30 hợp đồng lao động (19 người có trình độ đại học, 11 người có trình độ trên đại học) để thực hiện các nhiệm vụ không thường xuyên do Bộ, Tổng cục giao và một số lao động phổ thông (01 hợp đồng làm công tác bảo vệ, 01 hợp đồng lao công). Cán bộ hiện nay của Viện có chuyên ngành tương đối đa dạng: Hải dương học, Kỹ thuật biển, Thủy văn, Môi trường, Địa lý, Sinh thái, Trắc địa và Bản đồ, Kỹ thuật địa chất, Quản lý tài nguyên thiên nhiên, Kinh tế phát triển, Kinh tế tài nguyên – môi trường, Luật Quốc tế…
Trong quá trình hoạt động, Viện đã thực hiện nhiều đề tài, dự án, nhiệm vụ chuyên môn và thực hiện nhiều nhiệm vụ phối hợp với một số tỉnh, thành phố ven biển. Trong đó, một số kết quả đề tài, dự án đã được áp dụng vào nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước tổng hợp và thống nhất về biển và hải đảo.
Trong hợp tác quốc tế, Viện đã tham gia hợp tác với nhiều tổ chức quốc tế như: Trung tâm thông tin sóng thần quốc tế (ITIC), Trung tâm phòng chống thảm họa Châu Á (ADPC), Hệ thống cảnh báo sớm thiên tai tổng hợp Khu vực (RIMES), Trung tâm cảnh báo sóng thần Thái Bình Dương (PTWC), Viện Nghiên cứu Núi lửa và địa chấn Philipine (PHIVOLCS), Tập đoàn quản lý môi trường biển Hàn Quốc (KOEM), Cơ quan Hợp tác quốc tế Hàn Quốc (KOICA), tổ chức quốc tế Quản lý tổng hợp bền vững Biển Đông Á (PEMSEA), Quỹ Australia vì Nhân dân Châu Á và Thái Bình Dương (AFAP)...Ngoài ra, Viện còn tích cực liên hệ với các trường đại học nước ngoài như: Đại học Chulalongkon (Thái Lan), Đại học Quốc Gia Singapore, Đại học Saitama, Đại học Yokohama, Đại học Tokai (Nhật Bản).