Các tổ chức trực thuộc Viện theo Quyết định số 377/QĐ-TCBHĐVN ngày 25 tháng 12 năm 2014 của Tổng cục trưởng Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Nghiên cứu biển và hải đảo

• 1. Văn phòng.
• 2. Phòng Nghiên cứu kinh tế và quy hoạch sử dụng biển, hải đảo.
• 3. Phòng Nghiên cứu hải dương học và công nghệ biển.
• 4. Phòng Nghiên cứu tài nguyên biển và biến đổi khí hậu.
• 5. Phòng Nghiên cứu môi trường, sinh thái biển và hải đảo.
• 6. Phòng Phân tích, thí nghiệm.